O arquipélago abriga as 10 maiores montanhas insulares do país, com picos que passam de 1.300 metros de altitude, cobertos pela exuberante Mata Atlântica, além de área de mangue e extensa faixa costeira. Tais características do relevo proporcionam a ocorrência de rica avifauna, com mais de 390 espécies, entre elas o Papagaio-moleiro (Amazona farinosa), eleito a Ave Símbolo de Ilhabela. Embora ameaçado de extinção, este papagaio é visto com facilidade em Ilhabela, chamando a atenção de observadores de aves brasileiros e estrangeiros.