A poluição na cidade também tem aumentado, conforme apontamento do MPF, o que preocupa, já que Ubatuba tem mais de 50 quilômetros de praias inseridas na Área de Proteção Ambiental Marinha do Litoral Norte, além de abranger áreas de Mata Atlântica e Zona Costeira, que são ecossistemas considerados patrimônio nacional pela Constituição Federal.